OPTIMASI SUHU ANNEALING MARKA MOLEKULER SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) UNTUK STUDI KERAGAMAN GENETIK Aglaonema pictum (Roxb.) Kunth

Fira Shabrina Bintang Maharani; Muhammad Rifqi Hariri; Turhadi Turhadi

doi:10.36526/biosense.v8i4.5695

Authors

Fira Shabrina Bintang Maharani Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya
Muhammad Rifqi Hariri Pusat Riset Biosistematika dan Evolusi, Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN)
Turhadi Turhadi Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya

DOI:

https://doi.org/10.36526/biosense.v8i4.5695

Keywords:

Aglaonema pictum, keragaman genetik, Simple Sequence Repeat, suhu annealing

Abstract

Aglaonema pictum (Roxb.) Kunth merupakan tanaman hias populer di dunia karena memiliki variasi corak warna daun. Studi tentang keragaman genetik A. pictum masih jarang dilakukan, sehingga upaya ini perlu dilakukan. Salah satu penanda molekuler yang dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik yaitu Simple Sequence Repeats (SSR). Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi kondisi optimum pada primer SSR untuk studi keragaman genetik A. pictum. Metode yang digunakan adalah pengumpulan sampel, ekstraksi DNA menggunakan cetyltrimethylammonium bromide (CTAB), amplifikasi DNA menggunakan primer SSR (OSR13, RM10, RM6470, OSR14, MRG2172_RT2172, MRG2153_RGP2153, RM249, RM100, MRG2881_RT2881, dan RM7240) dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) pada kisaran suhu 52-54℃, 55-59℃, 47.2-50.9℃, dan 47.6-50.4℃, elektroforesis dan dokumentasi gel agarosa, serta analisis data. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dua dari sembilan primer SSR (RM249 dan RM7240) dapat diamplifikasi dengan baik pada suhu 49,3 ˚C dan 52,6 ˚C. Kedua suhu tersebut mengindikasikan suhu optimum yang dapat mengamplifikasi DNA sampel A. pictum. Sementara itu, primer OSR13, RM10, RM6470, OSR14, MRG2172_RT2172, MRG2153_RGP2153, RM100, MRG2881_RT2881 tidak berhasil teramplifikasi dengan baik dan spesifik pada rentang suhu annealing yang digunakan dalam penelitian ini.

References

Akbar, A. 2021. Penggunaan dan nilai ekonomi dari tanaman Aglaonema sp. di kalangan pedagang tanaman hias sekitar Cengkareng dan Pulo Gadung. Jurnal Bios Logos. 11(2): 122-128.

Amiteye, S. 2021. Basic concepts and methodologies of DNA marker systems in plant molecular breeding. Heliyon 7: e08093.

Chen, X., Temnykh, S., Xu, Y., Cho, Y. G., & McCouch, S.R. 1997. Development of a microsatellite framework map providing genome-wide coverage in rice (Oryza sativa L.). Theoretical and applied genetics. 95: 553-567.

Duhan, N., Kaur, S., & Kaundal, R. 2023. A genome-wide simple sequence repeat (SSR) markers database of livestock species for mutant germplasm characterization and improving farm animal health. Genes. 14:1-11.

Haryanto, L.I., Sukrianto., Maulana, F.A., & Ulum, M. 2022. Keragaan dan pendapatan usaha tani tanaman hias Aglaonema di masa New Normal. Seminar Nasional Penelitian LPPM UMJ. 1-11.

Islam, M. M., Hoque, M. E., Rabbi, S.M.H.A., & Ali, M.S. 2011. DNA fingerprinting and diversity analysis of BRRI hybrid varieties and their corresponding parents. Plant Tissue Culture and Biotechnology. 21(2): 189-198.

Li, X., Yang, Y., Henry, R. J., Rossetto, M., Wang, Y. & Chen, S. 2014. Plant DNA barcoding: from gene to genome. Biological Reviews. 90: 157-166.

Luo, H., Li, Y., Yang, Z., Zhong, B., Xie, R., Ren, M. & He, G. 2006. Fine mapping of a pistilloid-stamen (PS) gene on the short arm of chromosome 1 in rice. Genome. 49(8): 1016-1022.

Mandal, R., Nag, S., Tarafdar, J., & Mitra, S. 2016. A comparison of efficiency parameters of SSR markers and genetic diversity analysis in Amorphophallus paeoniifolius (Dennst.) Nicolson. Brazilian Archives of Biology and Technology. 59: 1-7.

McCarthy, E.M., Liu, J., Lizhi, G. & McDonald, J.F. 2002. Long terminal repeat retrotransposons of Oryza sativa. Genome Biology. 3: 1-11.

McCouch, S.R., Teytelman, L., Xu, Y., Lobos, K. B., Clare, K., Walton, M., & Stein, L. 2002. Development and mapping of 2240 new SSR markers for rice (Oryza sativa L.). DNA Research. 9(6): 199-207.

Muliana, G.H. 2022. Tentang Aglaonema. Sukabumi: CV Jejak (Jejak Publisher).

Nurdianawati, S., Wicaksana, N., & Anas. 2016. Analisis kesesuaian marka SSR (Simple Sequence Repeats) untuk identifikasi keragaman genetik pada kacang bambara asal Jawa Barat. Jurnal Agrikultura. 27(2): 120-123.

Park, Y.J., Lee, S.Y., Ma, K.H., Lee, J.R., Kang, H.K., Seok, S.J., Cho, E.G., & Kim, C.Y. 2003. Developing DNA finger-printing profiles of korean rice collection using simple sequence repeat polymorphisms. Arnel R. Hallauer International Symposium on Plant Breeding.

Pei, D., Song, S., Kang, J., Zhang, C., Wang, J., Dong, T., & Ge, M. 2023. Characterization of simple sequence repeats (SSR) markers mined in whole grape genomes. Genes. 14: 1-14.

Poltronieri, P. & Hong, Y. 2015. Applied Plant Genomics and biotechnology. Sawston: Woodhead Publishing.

Razak, S.A., Saidon, S.A., Yusof, M.F.M., & Ismail, S.N. 2018. Genetic characterization and analysis of the population of selected Sarawak rice cultivars using simple sequence repeat markers. BioTechnologia. 99(3): 205–214

Sathiskumar, R., Lakshmi, P.T.V., Annamalai, A., & Arunachalam, V. 2011. Mining of simple sequence in the genom of Gentianaceae. Pharmacognosy Research. 3(1): 19-29.

Tian, N., Han, L., Chen, C., & Wang, Z. 2018. The complete chloroplast genome sequence of Epipremnum aureum and its comparative analysis among eight Araceae species. PLoS One. 13(3): 1-21.

Umang, D.P., Bharti, K., & Husain, D.A. 2022. Bibliometric analysis of research aspects of simple sequence repeats in cultivars. International Journal of Health Sciences. 6(4):7922-7933.

Vieira, M.L.C., Santini, L., Diniz, A.L., & Munhoz, C.D.F. 2016. Microsatelite markers: what they mean and why they are so useful. Genetics and Molecular Biology. 39(3): 312-328.

Yuzammi. 2018. The diversity of aroids (Araceae) in bogor botanic gardens, Indonesia: collection, conservation and utillization. Biodiversitas. 19(1): 140-152.