ANALISIS FILOGENI KURA-KURA BATOK (Cuora Amboinensis) WILAYAH INDONESIA TIMUR (AMBON, LUWU, DAN GORONTALO) BERBASIS SEKUEN GEN CYTOCHROME B
Keywords:
Cuora amboinensis; filogeni; neighbor joining; jarak genetik; similaritas genetik
Abstract
Penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk mengeksplorasi hubungan kekerabatan Kura-Kura Batok (Cuora amboinensis) wilayah Ambon, Luwu, dan Gorontalo dilihat dari analisis konstruksi pohon filogeni, jarak genetik, dan similaritas berdasarkan variasi sekuens gen Cytochrome b. Penelitian ini masuk ke dalam penelitian deskriptif eksploratif yang dilakukan di dalam laboratorium. Tahapan dalam penelitian ini meliputi isolasi DNA jaringan, purifikasi DNA, Poly Chain Reaction (PCR), elektroforesis horizontal, sekuensing gen, dan analisis filogeni menggunakan software MEGA 6. Sampel dalam penelitian ini merupakan 8 spesies yang berasal dari Ambon, Gorontalo, dan Luwu. Hasil analisis filogeni menunjukkan nilai jarak genetik sebesar 0,003-0,349 dan nilai similaritas genetik sebesar 65,13%-99,70%. Cuora amboinensis dari daerah yang sama memiliki hubungan kekerabatan lebih tinggi dibanding dari daerah yang berbeda. Terdapat anomali pada sampel Gorontalo 10 yang berkerabat dekat dengan wilayah Ambon padahal kedua sampel tersebut terletak pada pulau yang berbeda. Kondisi ini dapat karena terjadi perdagangan lintas wilayah pada C. amboinensis sehingga menyebabkan variasi genetik rendah serta tingkat simialiaritas genetik tinggi pada spesies yang terletak pada pulau berbeda.
References
Arikunto, S. (2006). Prosedur Penelitian Suatu Pendekatan Praktik. Jakarta: Rineka Cipta.
Brahmantiyo, B., Priyono, P., & Rosartio, R. (2016). Pendugaan Jarak Genetik Kelinci (Hyla, Hycole, Hycolex NZW, Rex, dan Satin) Melalui Analisis Morfometrik (ESTIMATION OF RABBIT GENETIC DISTANCE (HYLA, HYCOLE, HYCOLEXNZW, NZW, REX AND SATIN) THROUGH MORPHOMETRIC ANALYSIS). Jurnal Veteriner, 17(2), 226–234. https://doi.org/10.19087/jveteriner.2016.17.2.226
Ernst, C. H., & Barbour, R. W. (1989). Turtles of the world. Washington: Smithsonian Institution Press.
Guntoro, J., Wirdateti, & Riyanto, A. (2020). The very low genetic variability on aceh tamiang’s (Indonesia) population of painted terrapin (batagur borneoensis) inferred by cytochrome oxidase I (CO I) and D-loop (control region). Biodiversitas, 21(6), 2514–2520. https://doi.org/10.13057/biodiv/d210624
Gusmiaty, G., Restu, M., Asrianny, A., & Larekeng, S. H. (2017). Polimorfisme Penanda RAPD untuk Analisis Keragaman Genetik Pinusmerkusii di Hutan PendidikanUnhas. Jurnal Natur Indonesia, 16(2), 47. https://doi.org/10.31258/jnat.16.2.47-53
Hadiati, S. (2003). Pendugaan Jarak Genetik dan Hubungan Kekerabatan Nanas Berdasarkan Analisis Isozim. Jurnal Hortikultura, 13(2), 87–94. http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/1156
Hidayatun, N., Susilowati, D. N., & Mulya, K. (2011). IDENTIFIKASI26 ISOLAT BAKTERI ENDOFITIK DAN FILOSFER PADI DENGAN ANALISIS SEKUEN16S RDNA 1 [ Identification of 26 Endophytic and Phyllosphere Bacteria Isolated from Rice by 16S rDNA Sequence Analyses ]. Berita Biologi, 10(April), 455–461.
Iskandar. (2000). Kura-kura dan Buaya Indonesia dan Papua Nugini. Palmedia Citra: Bandung.
Karmana, I. W. (2009). Kajian Evolusi Berbasis Urutan Nukleotida. GaneÇ Swara, 3(3), 75–81.
Koh, H. S., Lee, B. K., Wang, J., Heo, S. W., & Jang, K. H. (2009). Two sympatric phylogroups of the chinese water deer (Hydropotes inermis) identified by mitochondrial dna control region and cytochrome b gene analyses. Biochemical Genetics, 47(11–12), 860–867. https://doi.org/10.1007/s10528-009-9285-8
Lim, B. L., & Indraneil Das. (1999). Turtles of Borneo and Peninsular Malaysia. Kinabalu: Natural History Publications (Borneo).
Muharam, E. G., Buwono, I. D., & Yuniar Mulyani. (2012). ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio) MENGGUNAKAN METODE RAPD. Perikanan Dan Kelautan, 3(3), 15–23.
Munir, M., Suryaningtyas, H., & Kuswanhadi, K. (2012). Analisis Keragaman Genetik Isolat Corynespora Cassiicola (Berk & Curt) Wei. Di Indonesia Menggunakan Marker Issr (Inter Simple Sequence Repeat). Jurnal Penelitian Karet, 30(2), 86–99. https://doi.org/10.22302/ppk.jpk.v30i2.125
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan genetik nanas menggunakan RAPD. Journal Agritop, 15(1), 84–93.
Nasution, E. D., & Fatah, H. (2021). Rapid Survei Keanekaragaman Hayati Status Konservasi Permen LHK (P.106/2018) dan IUCN di areal Nilai Konservasi Tinggi Perkebunan Kelapa Sawit. Agrifor, 20(1), 161. https://doi.org/10.31293/agrifor.v20i1.5211
Rohimah, S., Mukarramah, L., Sindiya, V., S., V. Y., K., G. A., & Su’udi, M. (2018). Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA BARCODE ANGGREK Thrixspermum Secara In Silico. Jurnal Biodjati, 3(2), 50–58. https://doi.org/10.15575/biodjati.v3i2.3409
Saleky, D., Supriyatin, F. E., & Dailami, M. (2020). Pola Pertumbuhan dan Identifikasi Genetik Turbo setosus Gmelin, 1791 [Turbinidae, Gastropoda]. Jurnal Kelautan Tropis, 23(3), 305–315. https://doi.org/10.14710/jkt.v23i3.7514
Schmidt, H. a. (2003). Phylogenetic trees from large datasets. Unpublished PhD Thesis. http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.87.1104&rep=rep1&type=pdf%5Cnpapers://0bf253c3-7396-4811-afa5-28e5fa189e15/Paper/p22437
Schoppe, S. (2008). Science in CITES: the biology and ecology of theSoutheast Asian box turtle and its uses and trade inMalaysia. In Science in CITES: the biology and ecology of theSoutheast Asian box turtle and its uses and trade inMalaysia. www.traffic.org/species-reports/traffic_species_reptiles18.pdf
Spielman, D., Brook, B. W., & Frankham, R. (2004). Most species are not driven to extinction before genetic factors impact them. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101(42), 15261–15264. https://doi.org/10.1073/pnas.0403809101
Sujaya, I., Nocianitri, K., Aryantini, N., Nursini, W., Ramona, Y., Orikasa, Y., Kenji, F., Urashima, T., & Oda, Y. (2016). Identifikasi dan Karakterisasi Bakteri Asam Laktat Isolat Susu Segar Sapi Bali (IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF LACTIC ACID BACTERIA ISOLATED FROM BALI CATTLE’S RAW MILK). Jurnal Veteriner, 17(2), 155–167. https://doi.org/10.19087/jveteriner.2016.17.2.155
Tindi, M., Mamangkey, N. G. F., & Wullur, S. (2017). The DNA Barcode and molecular phylogenetic analysis several Bivalve species from North Sulawesi Waters based on COI gene. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis, 1(2), 32–38.
Toha, A., Hakim, L., & Sumitro, S. (2016). Panduan Dasar Analisis Data Genetik Untuk Publikasi (Vol. 3, Issue July). Proyek Marine Biodiversity of Raja Ampat Islands. Kerjasama Universitas Papua-Universitas Brawijaya.
Van Dijk, P. P., Iverson, J., Rhodin, A., Shaffer, B., & Bour, R. (2014). Turtles of the World, 7th Edition: Annotated Checklist of Taxonomy, Synonymy, Distribution with Maps, and Conservation Status. https://doi.org/10.3854/crm.5.000.checklist.v7.2014
Brahmantiyo, B., Priyono, P., & Rosartio, R. (2016). Pendugaan Jarak Genetik Kelinci (Hyla, Hycole, Hycolex NZW, Rex, dan Satin) Melalui Analisis Morfometrik (ESTIMATION OF RABBIT GENETIC DISTANCE (HYLA, HYCOLE, HYCOLEXNZW, NZW, REX AND SATIN) THROUGH MORPHOMETRIC ANALYSIS). Jurnal Veteriner, 17(2), 226–234. https://doi.org/10.19087/jveteriner.2016.17.2.226
Ernst, C. H., & Barbour, R. W. (1989). Turtles of the world. Washington: Smithsonian Institution Press.
Guntoro, J., Wirdateti, & Riyanto, A. (2020). The very low genetic variability on aceh tamiang’s (Indonesia) population of painted terrapin (batagur borneoensis) inferred by cytochrome oxidase I (CO I) and D-loop (control region). Biodiversitas, 21(6), 2514–2520. https://doi.org/10.13057/biodiv/d210624
Gusmiaty, G., Restu, M., Asrianny, A., & Larekeng, S. H. (2017). Polimorfisme Penanda RAPD untuk Analisis Keragaman Genetik Pinusmerkusii di Hutan PendidikanUnhas. Jurnal Natur Indonesia, 16(2), 47. https://doi.org/10.31258/jnat.16.2.47-53
Hadiati, S. (2003). Pendugaan Jarak Genetik dan Hubungan Kekerabatan Nanas Berdasarkan Analisis Isozim. Jurnal Hortikultura, 13(2), 87–94. http://ejurnal.litbang.pertanian.go.id/index.php/jhort/article/view/1156
Hidayatun, N., Susilowati, D. N., & Mulya, K. (2011). IDENTIFIKASI26 ISOLAT BAKTERI ENDOFITIK DAN FILOSFER PADI DENGAN ANALISIS SEKUEN16S RDNA 1 [ Identification of 26 Endophytic and Phyllosphere Bacteria Isolated from Rice by 16S rDNA Sequence Analyses ]. Berita Biologi, 10(April), 455–461.
Iskandar. (2000). Kura-kura dan Buaya Indonesia dan Papua Nugini. Palmedia Citra: Bandung.
Karmana, I. W. (2009). Kajian Evolusi Berbasis Urutan Nukleotida. GaneÇ Swara, 3(3), 75–81.
Koh, H. S., Lee, B. K., Wang, J., Heo, S. W., & Jang, K. H. (2009). Two sympatric phylogroups of the chinese water deer (Hydropotes inermis) identified by mitochondrial dna control region and cytochrome b gene analyses. Biochemical Genetics, 47(11–12), 860–867. https://doi.org/10.1007/s10528-009-9285-8
Lim, B. L., & Indraneil Das. (1999). Turtles of Borneo and Peninsular Malaysia. Kinabalu: Natural History Publications (Borneo).
Muharam, E. G., Buwono, I. D., & Yuniar Mulyani. (2012). ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio koi) DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio) MENGGUNAKAN METODE RAPD. Perikanan Dan Kelautan, 3(3), 15–23.
Munir, M., Suryaningtyas, H., & Kuswanhadi, K. (2012). Analisis Keragaman Genetik Isolat Corynespora Cassiicola (Berk & Curt) Wei. Di Indonesia Menggunakan Marker Issr (Inter Simple Sequence Repeat). Jurnal Penelitian Karet, 30(2), 86–99. https://doi.org/10.22302/ppk.jpk.v30i2.125
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan genetik nanas menggunakan RAPD. Journal Agritop, 15(1), 84–93.
Nasution, E. D., & Fatah, H. (2021). Rapid Survei Keanekaragaman Hayati Status Konservasi Permen LHK (P.106/2018) dan IUCN di areal Nilai Konservasi Tinggi Perkebunan Kelapa Sawit. Agrifor, 20(1), 161. https://doi.org/10.31293/agrifor.v20i1.5211
Rohimah, S., Mukarramah, L., Sindiya, V., S., V. Y., K., G. A., & Su’udi, M. (2018). Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA BARCODE ANGGREK Thrixspermum Secara In Silico. Jurnal Biodjati, 3(2), 50–58. https://doi.org/10.15575/biodjati.v3i2.3409
Saleky, D., Supriyatin, F. E., & Dailami, M. (2020). Pola Pertumbuhan dan Identifikasi Genetik Turbo setosus Gmelin, 1791 [Turbinidae, Gastropoda]. Jurnal Kelautan Tropis, 23(3), 305–315. https://doi.org/10.14710/jkt.v23i3.7514
Schmidt, H. a. (2003). Phylogenetic trees from large datasets. Unpublished PhD Thesis. http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.87.1104&rep=rep1&type=pdf%5Cnpapers://0bf253c3-7396-4811-afa5-28e5fa189e15/Paper/p22437
Schoppe, S. (2008). Science in CITES: the biology and ecology of theSoutheast Asian box turtle and its uses and trade inMalaysia. In Science in CITES: the biology and ecology of theSoutheast Asian box turtle and its uses and trade inMalaysia. www.traffic.org/species-reports/traffic_species_reptiles18.pdf
Spielman, D., Brook, B. W., & Frankham, R. (2004). Most species are not driven to extinction before genetic factors impact them. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101(42), 15261–15264. https://doi.org/10.1073/pnas.0403809101
Sujaya, I., Nocianitri, K., Aryantini, N., Nursini, W., Ramona, Y., Orikasa, Y., Kenji, F., Urashima, T., & Oda, Y. (2016). Identifikasi dan Karakterisasi Bakteri Asam Laktat Isolat Susu Segar Sapi Bali (IDENTIFICATION AND CHARACTERIZATION OF LACTIC ACID BACTERIA ISOLATED FROM BALI CATTLE’S RAW MILK). Jurnal Veteriner, 17(2), 155–167. https://doi.org/10.19087/jveteriner.2016.17.2.155
Tindi, M., Mamangkey, N. G. F., & Wullur, S. (2017). The DNA Barcode and molecular phylogenetic analysis several Bivalve species from North Sulawesi Waters based on COI gene. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis, 1(2), 32–38.
Toha, A., Hakim, L., & Sumitro, S. (2016). Panduan Dasar Analisis Data Genetik Untuk Publikasi (Vol. 3, Issue July). Proyek Marine Biodiversity of Raja Ampat Islands. Kerjasama Universitas Papua-Universitas Brawijaya.
Van Dijk, P. P., Iverson, J., Rhodin, A., Shaffer, B., & Bour, R. (2014). Turtles of the World, 7th Edition: Annotated Checklist of Taxonomy, Synonymy, Distribution with Maps, and Conservation Status. https://doi.org/10.3854/crm.5.000.checklist.v7.2014
Published
2023-06-01
How to Cite
HermawanC. (2023). ANALISIS FILOGENI KURA-KURA BATOK (Cuora Amboinensis) WILAYAH INDONESIA TIMUR (AMBON, LUWU, DAN GORONTALO) BERBASIS SEKUEN GEN CYTOCHROME B. JURNAL BIOSENSE, 6(01), 26 - 46. https://doi.org/10.36526/biosense.v6i01.2602
Section
Artikel
